איך לשלב js בhtml?

היי,
נתקלתי בבעיה בשילוב js בhtml
יש לי את הקודים מוכנים (הhtml, css,js) אבל שאני משלב את הjs בעזרת script זה חצי עובד לי
כלומר זה מציג את הhtml ואת הcss אבל לא את הjs שאחראי על "האנימציה"
אז איך אני יכול לשלב js עם html? ואל תגידו בעזרת <script> עשיתי את זה בכל מקום אפשרי שחשבתי (בhead, אחרי הhtml לפני הhtml וכו')
|קישור לאתר עם הקודים + הדף בפעולה: http://codepen.io/chrisgannon/pen/PwMbbv|
תודה לעוזרים
יום טוב
איתן