שמירה על שבירות השורה בקוד עצמו

בתוך קובץ טקסט, לשבירת השורה יש תו מיוחד, בלתי נראה

יש שני סוגים של תווי שבירת שורה:
LF – line feed
CR – cartridge return
במערכות ווינדוז צריך גם CR וגם LF כדי שהשורה תישבר
בעוד במערכות יוניקס (לינוקס ומק) מספיק LF

כנראה שהקובץ עליו אתה מדבר שמור רק עם LF
ראה הסבר בויקיפדיה: http://en.wikipedia.org/wiki/Newline

תכל'ס, אתה צריך לפתוח את הקובץ הבעייתי בתוכנת נוטפד++
ותחת Edit>EOL Conversion לסמן Windows Format ולשמור